秘密战争的核心在于隐蔽行动与情报操控。玩家需要通过侦察机频繁侦查敌方动态，同时利用策反、流言等手段降低敌方市长忠诚度和城市民心。资源掠夺与民心控制需同步进行，税率调整也直接影响民心变化，高税率虽能快速获取黄金但会加剧人口流失风险。整个过程中，情报的准确性和战术节奏的连贯性决定了秘密行动的成败。
优先发展钢铁和橡胶产业确保军事装备供应，同时保持粮食稳定以避免人口负增长。前期建筑布局需遵循任务引导，利用奖励资源加速关键设施建设，如科研中心和军工厂。仓库容量需提前规划，尤其是养兵阶段需要建造全粮分城来维持百万级兵力消耗。采集野地资源时需搭配大量卡车提高效率，十级草原的持续采集能解决大部分粮食需求。资源区的均衡分配和科技研发的优先级选择直接影响中后期战争潜力。
军官系统在秘密战争中扮演着决定性角色。三星以上且属性总和超过130的军官更适合培养，后勤属性高的军官能显著提升资源产量。技能等级达到5级的军官（81级）可实现每回合发动战术技能，如尖兵突击和弧形防御。招募时需避免过早投入奖励道具，不满意属性的军官应及时解雇更换。军事区建筑除军工厂外只需建造单幢，科研中心必须优先升级以解锁关键军事科技，装甲车与火箭的针对性研发能有效应对不同战场环境。
通过邮件外交与周边玩家建立临时同盟可减少早期冲突，加入强力联盟则能威慑单独作战的强敌。闭门不出策略可保存兵力避免无谓损耗，而迁城计划道具是遭遇强攻时的应急手段。督战队机制虽未在游戏中直接体现，但通过持续压制敌方民心和资源链切断，能达到类似现实战争中惩戒营的心理威慑效果。最终胜负往往取决于谁能更精准地预判对手行动，并在对方防御薄弱时发动致命一击。
