二周目开启后，主角会从家中出发，父亲将赠送一张船票（一号票），这是探索新区域的关键道具。获得船票后需前往水静市码头，与亚希达对话可领取第二张船票（二号票），用于前往对战开拓区。全国图鉴功能会解锁，玩家可通过通信交换获取更多丰缘地区外的精灵。注意梦幻无法通过通信交换获得，需通过其他方式捕捉。
对战开拓区是二周目的核心内容，包含多个挑战设施。对战塔是基础挑战，需连续击败多名训练师，建议携带属性均衡的队伍。双打对战需要四只精灵组队，注意技能搭配和联防。多人战需与NPC临时组队，中途休息可能导致失败，建议一次性完成。击败特定对手后可获得对战点数，用于兑换稀有道具。若遇到神兽队伍难以应对，可先存档并提升队伍强度后再尝试。
天空之柱是二周目的重要地点，需从131航道游泳进入。柱内地形复杂，需利用风马自行车加速通过断裂路面。顶层可遭遇烈空坐，建议携带冰系或龙系技能应对。击败或捕捉烈空坐后，剧情会推进至与代欧奇希斯的战斗，其形态会随机变化，需根据形态调整战术。
隐藏要素方面，需返回一周目部分地点触发新剧情。流星瀑布深处可遭遇小绿和小赤，其队伍强度较高，建议等级达到60级以上再挑战。古辰遗迹的石门需使用古辰宝珠开启，内部水池可捕捉古空棘鱼。武斗镇的石之洞窟能获取化石道具，选择不同路线奖励不变，但需提前学会碎岩技能。
资源管理上，二周目需注重道具和精灵的合理分配。对战点数优先兑换提升个体值的道具，如银色王冠。秘密基地可布置家具提升功能，部分家具需通过特定支线任务获取。精灵培养建议以准神兽为主，如暴飞龙或巨金怪，兼顾速度和攻击属性。
二周目挑战难度显著提升，需结合战术规划和资源积累。主线与支线任务交错推进，探索过程中注意存档以避免意外情况。
