舰船控制是游戏核心玩法之一，涉及移动、攻击、技能使用和战术搭配等多个层面。首先需要明确的是，不同类型的舰船拥有独特的定位和功能，例如护卫舰擅长防御和侦察，巡洋舰则兼顾攻防平衡，而战列巡洋舰和航空母舰则是后期战斗的主力。玩家需根据战场需求灵活调整舰队配置，优先确保前排防御型舰船吸收伤害，中后排输出型舰船提供火力支援。
舰船的基础操作分为移动、攻击和技能释放三部分。移动时需选中舰队并点击目标地点，系统会自动计算最短路径，但玩家需主动利用地形优势，例如星云可降低敌方命中率，星门附近便于快速撤退。攻击指令需手动选择目标，每支舰队每回合仅能攻击一次，因此需合理分配火力优先级。技能系统是战斗的关键变量，例如护卫舰的防御强化技能可大幅提升生存能力，而战列巡洋舰的破甲技能能有效削弱敌方护甲。技能释放时机直接影响战局走向，建议在敌方关键单位暴露时集中使用。
舰船的技术值加点是强化战斗力的重要手段。防御型舰船应优先提升护甲和能量抗性，输出型舰船则侧重冷却缩减、暴击率和伤害加成。例如ST59级战列巡洋舰的装甲系统需优先点满，而红宝石离子型护卫舰则应强化鱼雷伤害和命中率。技术值分配需遵循扬长避短原则，避免平均分配导致舰船特性模糊。部分舰船如雷里亚特隐身型还需解锁特殊策略技能，以发挥其针对特定目标的战术价值。
舰队编组需综合考虑舰船站位和战斗序列。常规阵型为前排部署防御舰船，中后排布置输出与支援单位，但需注意部分巡洋舰如艾奥级因站位靠前需搭配奇美拉级分担伤害。战斗序列决定了武器攻击优先级，例如斗牛级驱逐舰会优先攻击敌方护卫舰和驱逐舰，因此可通过调整舰队构成针对性克制。母舰等大型单位需通过增援指令快速部署，避免直接编入低速舰队影响机动性。
