在拿到第八枚徽章并击败联盟冠军后，玩家首先需要返回常磐市恢复精灵状态。游戏主线剧情已基本完成，但仍有多个隐藏要素和后续内容可供探索。冠军之路的挑战只是开始，后续可以前往七岛继续冒险，或收集尚未捕捉的传说宝可梦。部分秘传技能如冲浪、怪力等在后期探索中仍然不可或缺，建议保留相应技能机。
在获得第七枚徽章时，馆长会主动提出带玩家前往岛屿区域。第一个岛屿的实验室能获取三岛通行证，这是触发后续剧情的关键道具。在第三个岛屿的森林深处存在特殊事件，解救受惊的小女孩后能获得月之石奖励。各岛屿分布着独特的野生宝可梦和训练师，等级普遍高于主线剧情中的对手。
火烈山山洞内的红宝石具有特殊功能，回到原岛上可进行特定操作。游戏中还存在多处隐藏道具点，需要仔细探索地图边缘和特殊地形。部分道具如金珠、月之石等只能通过特定事件获取，这些物品对宝可梦进化和能力提升有显著帮助。
对战设施的挑战为玩家提供持续的游戏动力。枯叶市的圣安奴号游轮上有大量高强度训练师，击败他们可获得珍贵道具和经验值。各地道馆馆主在通关后会提升队伍等级，再次挑战他们能检验队伍实力。某些特殊NPC如正辉博士、大木助手会给予隐藏任务，完成这些任务往往能解锁新的游戏功能。
宝可梦的培育与优化成为后期核心内容。通过连锁捕捉可以获得更高个体值的野生宝可梦，而特定区域的群战则是快速提升等级的有效途径。技能搭配需要根据队伍整体战术进行调整，攻击型、防御型或平衡型配招各有优劣。特性利用和道具组合能显著提升战斗效率，如火焰宝可梦的引火特性在特定场合具有战略价值。
游戏世界的完全探索需要系统性的规划。所有城镇和道路都存在隐藏路径或可交互元素，如华蓝市右侧的隐藏通道、月见山的化石选择等。重要地点如紫苑镇宝可梦塔、彩虹游戏城等区域在通关后会出现新的剧情线索。全图鉴收集需要综合运用冲浪、攀瀑等技能，部分稀有宝可梦仅在某些时间段出现。
