技能是战斗中至关重要的元素，分为物理攻击、特殊攻击、变化技能等多个类别。物理攻击如百万吨拳击和百万吨飞腿可通过特定NPC学习，前者在月见山出口左侧格斗家处获得，后者则在右侧格斗家处习得。特殊攻击包括十万伏特、暴风雪等高威力技能，其中十万伏特可通过赌场代币兑换或完成发电厂事件后从雷电道馆馆主处获得。变化技能如反射盾、神秘的保护等主要在百货公司购买或特定剧情中获取。
技能机器（TM）和秘传技能（HM）是获取特殊技能的主要途径。TM28挖洞在击败火箭队成员后获得，TM26地震则需在海洋团海底基地深处寻找。秘传技能中，HM01一字斩在圣安奴号船长室获得，用于砍伐障碍树木；HM05闪光需收服10种宝可梦后由博士助手赠送，用于照亮黑暗洞穴。部分技能如破坏光束和神秘的保护可在大型百货公司购买，但价格较高。
气合拳需在115号道路流星瀑布入口左侧沙滩冲浪获取；龙之爪则隐藏在流星瀑布深处洞穴尽头；水之波动需击败水系道馆馆主；钢之尾同样位于流星瀑布特定位置。这些技能往往具有独特效果，如剧毒可造成持续伤害，获取地点在喷烟山洞需要推石进入的分支路径。
技能搭配需要考虑属性相克和战斗策略。格斗系技能如瓦割对冰系、岩石系效果显著，可从特定NPC处习得；电系技能电击波克制水系和飞行系，通过击败雷电道馆馆主获得。变化类技能如挑拨能阻止对手使用变化技能，需在忍者屋敷完成迷宫后获取。技能报恩威力随亲密度提升，当亲密度达到150以上时可在特定房屋内学习。
后期强力技能如影子球、岩石封杀等需要完成特定剧情。影子球在墓场大楼顶楼获取；岩石封杀需击败岩石系道馆馆主；燕返必定命中，通过飞翔系道馆馆主奖励获得。部分技能如撒气威力与亲密度成反比，适合在亲密度较低时使用。技能睡觉可完全恢复HP但会陷入沉睡状态，在特定NPC处学习或通过拾荒特性概率获得。
