在完成八个道馆的挑战后，游戏的核心目标转向了冠军之路和四大天王的终极考验。冠军之路是一个充满复杂地形和高等级训练家的迷宫，玩家需要通过推石头、解谜和连续战斗才能抵达终点。这里的训练家实力远超普通道馆馆主，且队伍配置更加多样化，需要玩家提前调整好精灵属性和技能搭配。冠军之路的某些区域需要特定秘传技能才能通过，因此确保队伍中有掌握冲浪、怪力等技能的精灵至关重要。
战胜四大天王是通关前的最终挑战，每位天王专精不同属性且战术成熟。火系天王擅长爆发输出，水系天王注重控场和恢复，电系天王以速度压制见长，冰系天王则擅长干扰和消耗。建议根据他们的属性弱点提前培养针对性精灵，并携带足够的恢复道具。最终与冠军的对战更是对玩家综合策略的全面检验，冠军的队伍通常包含多种属性的强力精灵，没有明显的属性短板，需要灵活运用状态技能和换人时机来取得优势。
通关后游戏会解锁七岛剧情，这是主线之外的重要扩展内容。七岛由多个岛屿组成，每个岛屿都有独特的生态环境和稀有精灵分布。玩家需要完成包括寻找红蓝宝石、解决火箭队残余势力等一系列任务，过程中还能解锁诸如急冻鸟、火焰鸟等传说精灵的捕捉机会。部分岛屿设有特殊设施如训练塔，提供高强度的连续对战挑战，适合追求极限的玩家测试队伍强度。
游戏内还存在大量隐藏要素值得探索，比如通过特定条件触发的精灵进化、隐藏道具收集以及NPC特殊事件。某些稀有精灵如卡比兽、迷你龙只在特定地点出现，需要耐心寻找或完成前置任务。玩家还可以通过联机交换获得需要通讯进化的精灵，完善图鉴收藏。对战塔等后期设施提供了重复挑战的机会，允许玩家不断优化战术和队伍配置。
完成所有挑战后，玩家可以重新挑战之前击败过的道馆馆主和训练家，他们的队伍等级和战术会显著提升，为追求完美数据的玩家提供持续的动力。这种设计让游戏即使通关后仍保持足够的可玩性，鼓励玩家尝试不同的队伍组合和战斗风格。整个过程中积累的经验和资源也为后续可能的新冒险奠定了坚实基础。
